良太开船去找男孩失踪的哥哥，遇到暴风雨漂流岛一座岛上，在那岛上发现了龙虾怪兽伊比拉，还有在岛上进行一项不为人知计划的神秘组织红竹，正巧碰到一位女原住民，通过她的帮助下四人潜入红竹的基地，竟发现哥斯拉在岛上的洞穴中休眠…….

科学家在婴皇岛进行核试验，激活了龙虾怪兽。善良中立的飞蛾怪兽不招待见后，哥斯拉也升级成为可以解决问题的「邪恶中立」。从一开始作为大自然对人类的惩罚人，到现在单纯的问题解决者，六十年代的设计者把哥斯拉的印象也塑造得更加白痴。